因原有的三條路徑已經(jīng)被證實難以走通，最終多方協(xié)調(diào)確定的新格局為：將三峽工程基金在三峽工程建成后轉(zhuǎn)化為大型水利工程建設(shè)基金，其中一部分(前期大概占到75%)用于南水北調(diào)工程建設(shè)，剩余部分用于三峽后期建設(shè)和扶持。

　　此時的資金結(jié)構(gòu)變?yōu)椋褐醒胪顿Y414億元，占16%；南水北調(diào)基金減少到290億元，占11%；貸款仍為558億元，占21%；水利工程建設(shè)基金1241億元，占49%；地方籌資43億元，占2%。

　　這種格局減輕了地方的負擔，亦為南水北調(diào)干線工程建設(shè)做實了建設(shè)資金來源。此外，各方還對未來(國務(wù)院批復(fù)可行性研究報告是2008年，工程投資以2007年物價水平測算，工程結(jié)束是2014年)可能的建設(shè)成本上漲預(yù)留了空間。

　　按國家審計署對項目進行審計的最終結(jié)果，南水北調(diào)的最終建設(shè)成本可能在2546億元基礎(chǔ)上再增加約600億元，達到3000億元左右。增加部分通過延長南水北調(diào)工程建設(shè)基金解決，仍不足部分則向銀行貸款，本息由水利工程建設(shè)基金償還。

　　但這仍然是較為保守的數(shù)字。國家發(fā)改委原副主任杜鷹則在一次建設(shè)會議上透露，隨著工程的進展，估計南水北調(diào)一期工程通水時的成本將達3500億元。

　　“兩部制”真意

　　在南水北調(diào)工程總體規(guī)劃階段，已制定了南水北調(diào)工程水價形成的基本思路，即水價形成與資本市場開放程度相協(xié)調(diào)，達到既可使水價在居民和企業(yè)的承受能力以內(nèi)，同時又有利于達到籌集工程建設(shè)資金和維持工程良性運行的目的。

　　為償還至少翻番的建設(shè)成本及利息，同時維持工程的后期運營，南水北調(diào)水價的制定，并不容易。

　　中國現(xiàn)行的水價制定標準是并不復(fù)雜的單一制水價，即“工程成本+稅費+合理利潤”。

　　但是，“如實行單一制水價，工程管理單位將完全受制于受水區(qū)的用水需求情況，”國務(wù)院南水北調(diào)辦經(jīng)濟與財務(wù)司司長朱衛(wèi)東近期在《南水北調(diào)報》上刊文解讀，“一旦受水區(qū)用水量較少(甚至不用水)，工程管理單位將不能收取到足夠的水費，無法償還工程運行維護費用及貸款本息，無法持續(xù)運行。”

　　為滿足上述多重水價標準，南水北調(diào)在尚不成熟的基礎(chǔ)上設(shè)定了新的水費收取模式，即“兩部制水價”。

　　所謂“兩部制”，是根據(jù)產(chǎn)品成本分為固定及變動成本原理，將產(chǎn)品價格分為基本價格(或容量價格)及計量價格兩部分。前者對應(yīng)固定成本，后者對應(yīng)變動成本及利潤等變動因素。這種制度下的基本價格按一定銷售量核定，不隨銷售變化而變化，計量價格則按實際銷售量收費。