1936年，杭州古蕩老和山在建造杭州第一公墓時，出土了一些石器。這引起了當(dāng)時一些考古學(xué)家的注意。當(dāng)年5月底，浙江省立西湖博物館和吳越史地研究會合作對遺址進行試掘。

據(jù)文獻記載，當(dāng)時試掘開探坑3個，僅獲石器6件、陶片3塊，另采集石器10余件。后來，這次試掘被認(rèn)為是“江浙地區(qū)第一次與良渚文化相關(guān)的田野考古發(fā)掘”。

雖然此次考古僅持續(xù)了一天時間，但這可以看做是良渚遺址發(fā)現(xiàn)的開端。

當(dāng)時參與古蕩發(fā)掘的西湖博物館工作人員施昕更，在接觸到出土石器后，“感到很熟悉”。他意識到“家鄉(xiāng)良渚鎮(zhèn)屢有出土的石器應(yīng)與古蕩有某種內(nèi)在的關(guān)聯(lián)”。

次日，施昕更回到其家鄉(xiāng)良渚搜集文物。“除了石鏟之外，意外的又得到許多不同形式的石器”。這一年7月，他第二次再赴良渚調(diào)查，并在枯竭的池底，揀到“不少”石器。同年11月，施昕更第三次赴良渚，在“良渚鎮(zhèn)附近棋盤墳的一個干涸池底，偶然發(fā)現(xiàn)一二片黑色有光的陶片”。

西湖博物館當(dāng)時對此非常重視。館方依照當(dāng)時頒布的《文物保存法》第八條規(guī)定，呈請中央古物保管委員會，取得采掘執(zhí)照。1936年末、1937年3月，施昕更先后三次代表西湖博物館對棋盤墳、橫圩里、茅庵前、古京墳、荀山東麓以及長明橋鐘家村等六處遺址進行試掘。

此次發(fā)掘出土了大批黑陶和石器，同時經(jīng)調(diào)查“發(fā)現(xiàn)了以良渚鎮(zhèn)為中心的十余處遺址”。此后，施昕更據(jù)本次發(fā)掘完成了《良渚——杭縣第二區(qū)黑陶文化遺址初步報告》。

報告記錄了遺址發(fā)現(xiàn)經(jīng)過、各遺址底層堆積情況、出土遺物、年代與文化性質(zhì)分析以及編寫報告過程。同時，該報告對以“良渚”作為遺址的定名也做了說明。報告這樣寫道：“最新的考古報告都以地名為名……我也來仿效一下，遺址因為都在杭縣良渚鎮(zhèn)附近，名之良渚，也頗適當(dāng)……所以決定采用這二個字，有名實兼收之妙。”

不過由于日寇入侵，該報告的印刷、出版“經(jīng)歷了許多患難困苦的歷程”?！读间疚幕酚涊d，“杭州失守后，《良渚》報告在杭印刷的字版及鋅制圖版，在形勢危急中均無法攜出，在隨同西湖博物館遷徙流亡途中，施昕更以滿腔的熱情和驚人的意志，重新整理舊稿，經(jīng)館長董聿茂先生奔走，得到浙江省教育廳經(jīng)費支助，至1938年終由上海中國科學(xué)公司印刷出版”。

但因當(dāng)時條件所限，考古學(xué)者并未采取“良渚文化”的說法。即便是發(fā)現(xiàn)者施昕更也認(rèn)為，良渚遺址與山東的龍山文化屬同一文化體系。

1949年后，隨著江浙一帶的諸多文物在考古發(fā)掘中出土，有學(xué)者逐漸意識到良渚當(dāng)屬獨立的文化體系。

1957年，考古學(xué)家夏鼐在《浙江新石器時代文物圖象》的序言中指出，良渚等遺址出土的遺物有其獨有特色。兩年后，1959年，在長江流域規(guī)劃辦公室文物考古隊隊長會議上，夏鼐提出了“太湖沿岸和杭州灣的良渚文化”這一說法。

此后，相關(guān)考古不斷進行。1987年，浙江余杭瑤山發(fā)現(xiàn)良渚祭壇和貴族墓地；2007年，良渚古城的發(fā)現(xiàn)和確認(rèn)，標(biāo)志著良渚遺址進入都邑考古新階段；2009年—2012年發(fā)現(xiàn)和確認(rèn)良渚古城外郭城；2009年—2015年發(fā)現(xiàn)和確認(rèn)良渚古城外圍水利系統(tǒng)。而這些都被列在此次“良渚古城遺址”申遺的范圍之內(nèi)。

浙江省文物考古研究所研究員王寧遠(yuǎn)曾對媒體表示，良渚遺址擁有水利系統(tǒng)、分等級墓葬、祭壇、以玉器為代表的禮器，遺存類型豐富、遺址格局完整，成為中華五千年文明史的實證。

浙江省文物考古研究所所長劉斌此前也曾表示，目前主流的國際學(xué)術(shù)界已經(jīng)因良渚的發(fā)現(xiàn)，接受了中國有五千多年文明史的觀點。

據(jù)悉，良渚申遺結(jié)果將于2019年出爐。